黑羽家的长子——黑羽悠斗为查出八年前父亲的死因，离开家加入FBI，却被派去做了黑衣组织的卧底，从而认识了那个命运中的女孩，并且发誓要永远守护她，然而就在他要带她逃离的时候，他卧底的身份暴露了，并且被灌下毒药，反而变成了小孩，住进了工藤家。共同的遭遇，让他和工藤新一联手，共同对付组织，守护各自心爱的女孩 ...