公元5000年，人类进入神前时代，科技空前发达，而且，大多数人都有引以为傲的能力。然而，魔种的入侵使人类被迫脱离地面，在空中建立了家园。为了对抗魔种，人类联合在空中成立了战神―魔导师学院，培养天赋异禀的人类来对抗魔种。21岁的诸葛新昊是就是这所学院的一名学生，但在半年前的一场战斗中为掩护队友而负“内”伤，每次战斗都推辞。在星野亚希的推荐下，当了最差“队伍”的教官… ...

自古就有神的传说，可是这位黑化的神，似乎有些不同…… ...