31世纪，人类向宇宙发射的探索卫星暴露了人类的位置，来自不明星系的黑袍人照着地球的坐标来到了地球，人类在黑袍人人恐怖的生化病毒与先进的科技双重压制下下，终于灭绝了。黑袍人们研发了一种身穿白袍的人造人部队，来代替自己执行危险任务。但在一次执行抓捕任务的过程中，发生了一场意外，导致任务目标——一位15岁的少年逃离，落向不明位面。这个幸运的少年在一个他熟知的忍者世界生存 ...